Ядрено-магнитният резонанс (ЯМР) не използва йонизиращо лъчение, а силно магнитно поле и радиочестотна енергия. Затова при него няма радиационна доза, която да се натрупва с всяко изследване, както е при рентгена и компютърната томография. Това обаче не означава, че съществува универсален безопасен брой сканирания за година или за цял живот. Няма фиксирана „безопасна честота“ – значение има медицинската причина за всяко изследване.

Цялостният скрининг на тялото при хора без симптоми, рискови фактори или фамилна обремененост не се препоръчва. При проследяване на туморно заболяване, множествена склероза, ставни и гръбначни увреждания или ефекта от лечение повторно ЯМР може да бъде назначено според необходимостта. Решението е индивидуално и не се определя от предварително зададен лимит.

Контрастът е отделен въпрос. При част от изследванията се прилагат гадолиниеви контрастни вещества, които подобряват видимостта на определени тъкани и кръвоносни съдове. Те се извеждат основно през бъбреците. При нормална бъбречна функция задържането на малки количества гадолиний не е пряко свързано с вредни ефекти, но контрастът се използва, когато носи диагностична полза. Затова лекарите питат за бъбречни заболявания и при някои пациенти назначават изследване на бъбречната функция преди инжектиране. При тежко бъбречно увреждане рискът от рядкото усложнение нефрогенна системна фиброза е по-висок, а решението за контраст се взема след преценка на ползата и риска.

Препоръчват се конкретни интервали между две инжекции на гадолиниев контраст: около 4 часа при нормална или умерено намалена бъбречна функция и 7 дни при тежко намалена функция или диализа. Тези срокове се отнасят до повторното приложение на контраст, а не до самото извършване на ЯМР. При спешност лекарят може да прецени различен подход.

Липсата на йонизиращо лъчение не прави ЯМР подходящ за всеки без предварителна проверка. Силното магнитно поле може да повлияе на някои пейсмейкъри, невростимулатори, инсулинови помпи, съдови клипсове и други устройства. Част от имплантите са допустими само при конкретни условия, затова пациентът трябва да съобщи за всеки метален или електронен предмет в тялото. Други възможни проблеми са силният шум, нагряването, клаустрофобията, необходимостта от обездвижване и евентуална седация. При изследване с контраст са възможни и алергични реакции, макар и редки.

Рутинното сканиране на цялото тяло при хора без оплаквания също не се препоръчва като общ профилактичен тест. Няма достатъчно доказателства, че подобен подход удължава живота, а случайно откритите изменения могат да доведат до допълнителни изследвания и процедури. Практическият извод е, че няма „безопасна честота“ на ЯМР като фиксирано число: важно е всяко изследване да има ясна медицинска причина и да се избере подходящият протокол, със или без контраст.