Учени от Станфордския университет са открили, че чихуахуа носят малки фрагменти от ДНК на койоти. Следите са идентифицирани чрез нов алгоритъм за подробен анализ на произхода на различни видове.

Генетичните участъци вероятно са попаднали в наследствената линия на породата много преди пристигането на европейците в Америка. Родословието на чихуахуа се свързва с течичи — малко куче компаньон, отглеждано в доколумбово Мексико от толтеките около началото на първото хилядолетие.

Съвременните чихуахуа са запазили около 4% генетичен материал от древни кучета, живели преди европейската колонизация. В тази наследена част изследователите са открили още по-малки фрагменти, които насочват към древно кръстосване между местни кучета и койоти.

Идентични участъци от ДНК са открити и при китайски качулати кучета. Според учените това подкрепя предположението, че фрагментите са свързани с по-стара обща линия, а не с близко във времето кръстосване. Генетикът Александър Йоанидис предполага, че тези фрагменти произлизат от древни контакти между кучета и койоти в Мексико и може да са се появили при животни, от които впоследствие са произлезли и двете съвременни породи.

Всички домашни кучета водят произхода си от вълци от Стария свят, докато койотите принадлежат към друга еволюционна линия. Исторически сведения сочат, че кръстосването между койоти и местни кучета в доколумбово Мексико може да е било целенасочено, а не случайно.

Койотската ДНК представлява приблизително една десета от процента от генома на чихуахуа. Затова учените не свързват откритието пряко с характерната смелост на малките кучета или с поведението им към по-едри животни. Според Йоанидис влиянието върху поведението, ако изобщо съществува, вероятно е незначително.

Същото се отнася и до малкия размер на породата. Той вероятно е резултат от генетични промени, свързани със забавяне на растежа, и от продължителен изкуствен подбор, при който хората са развъждали най-дребните животни. Така генетичното наследство от койоти остава любопитна следа в историята на породата, но не и доказано обяснение за нейния темперамент.