Стефан Богориди, роден като Стойко Цонков Стойков в Котел, e сред малкото българи, за които има писмени свидетелства, че са се сражавали срещу Наполеон. Той е внук на Софроний Врачански и баща на княз Алеко Богориди и княз Никола Богориди. Името Богориди е дадено на него и брат му Атанас в чест на княз Борис I, известен още като Богорис.

Стефан учи в гръцки колеж в Букурещ, където заменя името си Стойко със Стефан. След като учителства известно време в Истанбул, постъпва като преводач в османската флота и участва в корпуса на Мустафа паша срещу френските войски на Наполеон в Египет. Османската армия претърпява тежко поражение, а Богориди оцелява по чудо.

През 1812 г. става губернатор на Галац, а по-късно заема постове като каймакам на Влашко и Молдова, както и драгоман във флотата. След това е заточен за три години в Измит, Мала Азия. След Руско-турската война (1828–1829) и Одринския мирен договор Богориди оглавява османската делегация в Санкт Петербург, където успешно урежда спорните въпроси с Русия. Така печели доверието на султан Махмуд II и става негов съветник. В продължение на 30 години участва във важни преговори на Високата порта, включително за статута на Дунавските княжества. Според мемоарите на английския посланик Канинг именно дипломатическата мисия на Стефан Богориди спомага Гърция да получи независимост.

През 1830 г. букурещки българи изработват проект за автономно българско княжество в Добруджа. Богориди се опитва да го представи на турските власти, но без успех. Въпреки това султанът му дава титлата княз (бей) и през 1834 г. го назначава за управител на остров Самос. Богориди прекръства главния град на острова на Стефануполис, но управлява от Цариград чрез своя секретар Гаврил Кръстевич. Заради алчността и диктаторските му методи местното гръцко население го мрази, а през 1849 г. след бунт султанът го сваля.

През 1850 г., след масовото селско въстание във Видинско, Белоградчишко, Кулско и Ломско, Високата порта под влиянието на Богориди извършва административна реформа и започва прилагането на аграрната реформа, което позволява на българите да получават земя.

При султан Абдул-Меджид I Богориди е член на Танзиматския съвет и имперски съветник – длъжност, създадена специално за него. Той е единственият християнин от 1453 г. насам, който приема в дома си турски султан.

През август 1849 г. Стефан Богориди получава разрешение за построяване на българска църква в Цариград и дарява къщата си в квартала Фенер. С доброволни помощи е построен параклис, посветен на Свети Стефан, а по-късно на същото място е издигната известната Желязна църква. Богориди подкрепя елино-българското училище в Котел и покровителства български студенти като Гаврил Кръстевич и Георги Раковски.