Софийският университет „Св. Климент Охридски“ е основан на 1 октомври 1888 г. Пътят към неговото създаване започва още през 1880 г., когато Министерството на просвещението внася в Народното събрание проект за Основен закон за училищата, предвиждащ след завършване на гимназиалния курс да се открие българско висше училище с юридически, философски, естествени, медицински и технически науки. През 1887 г. министърът на просвещението Т. Иванчев издава Наредба за откриване на педагогически клас към Първа мъжка гимназия в София. Занятията започват на 1 октомври 1888 г., а на 8 декември 1888 г. Народното събрание решава класът да се преобразува във Висше училище. Решението влиза в сила на 1 януари 1889 г. с Указ № 159, публикуван в Държавен вестник. За първи ректор е избран Александър Теодоров-Балан. Първоначално по временния правилник работи само Историко-филологическото отделение. През 1889/1890 г. се открива Физико-математическото отделение, а през 1892 г. – Юридическият факултет.

През 1894 г. е приет нов закон за Висшето училище и то е преобразувано в университет под името „Български университет братя Евлогий и Христо Георгиеви от Карлово“ с три факултета: Историко-филологически, Физико-математически и Юридически. В периода 1918–1923 г. се откриват четири нови факултета – Медицински, Агрономо-лесовъден, Богословски и Ветеринарно-медицински. През 1938 г. Софийският университет вече има 7 факултета, 72 института, клиники, семинари, значителен библиотечен фонд и собствено научно списание. Така той се утвърждава като един от авторитетните научни центрове на Балканите.

В периода 1947–1952 г. Народното събрание приема закони, с които отделя факултети и институти от структурата на университета. Някои от тях поставят началото на нови самостоятелни висши училища – Висшия икономически институт, Медицинска академия, Ветеринарно-медицинския институт, Селскостопанската академия, а други преминават към БАН. По-късно част от тези звена са възстановени в университета, сред тях Богословският и Медицинският факултет. Създаден е и нов Стопански факултет. През 2012 г. Химическият факултет е преобразуван във Факултет по химия и фармация.

Университетската библиотека „Св. Климент Охридски“ е първата университетска и най-голямата научна библиотека в България. През 1900 г. е приет правилник за библиотеката при Висшето училище, а през 1905 г. започва да излиза Годишник на Университета с официален и научен дял. През 1925 г. със Закона за депозита библиотеката става третата в страната, която получава безплатен екземпляр от всяко издание. Днес фондът ѝ наброява над 2 510 000 библиотечни единици – научна и учебна литература, редки и ценни издания, периодика и електронни носители. Годишно се набавят над 20 000 единици и се обслужват повече от 30 000 читатели с над 340 000 библиотечни материала. Библиотеката съчетава традиции и модерни технологии и се утвърждава като библиотечно-информационен, културен и образователен център.

Патронният празник на университета е свързан със св. Климент Охридски. От 1902 г. е учреден празникът на патрона, а в Правилника от 1905 г. за пръв път е записано, че 25 ноември, денят на св. Климент Охридски, е патронен празник на Университета. От 1916 г. заради официалното приемане на Григорианския календар годишният празник започва да се чества на 8 декември. От 1935 г. Софийският университет официално носи името на своя патрон. След 1968 г., когато Българската православна църква връща стария стил на Юлианския календар, денят на св. Климент Охридски отново става 25 ноември, а от 90-те години на ХХ в. това е патронен празник само на Софийския университет. Осми декември остава светска дата и продължава да обединява българското студентство. Преподавателите и студентите честват два академични празника – патронен и общостудентски.

Днес Софийският университет „Св. Климент Охридски“ е най-големият и престижен учебен и научноизследователски център в България. Той обхваща 16 факултета със 119 специалности. В структурата му влизат Факултет по славянски филологии, Факултет по класически и нови филологии, Исторически факултет, Философски факултет, Юридически факултет, Факултет по журналистика и масова комуникация, Факултет по педагогика, Факултет по науки за образованието и изкуствата, Геолого-географски факултет, Физически факултет, Факултет по математика и информатика, Факултет по химия и фармация, Биологически факултет, Стопански факултет, Богословски факултет и Медицински факултет, както и департаменти за информация и усъвършенстване на учители, за езиково обучение и по спорт. Като самостоятелни звена функционират Университетската библиотека, Университетското издателство с печатница, Университетският център за информационни и комуникационни технологии, Научноизследователският сектор и Университетските ботанически градини. Създадени са и много центрове – за образователни услуги, за източни езици и култури, по кореистика, Кариерен център, Културен център, EURAXESS център за мобилност на учените, Мрежова Cisco Академия, Център за изследване на патристичното и византийското духовно наследство, Институт Конфуций в София, Approved Test Centre for the Oxford Test of English, Университетски център за изследване на религиите, Френско-германски център за приложни изследвания по икономика и управление, Център за дистанционно обучение, Университетски център за управление на качеството, Център на технологии на информационното общество, Център за икономически теории и стопански политики, Високотехнологичен бизнес център, Център за икономика и политика на Китай, рехабилитационни центрове и Център за полярни изследвания. Към университета работят радио и телевизия „Алма Матер“, театър-лаборатория @лма @лтер, Музей на СУ, Музей по палеонтология и исторична геология и Музей по минералогия, петрология и полезни изкопаеми.

Софийският университет се развива като изследователски университет. Възприет е принципът, че високото ниво на научноизследователската дейност е задължителна стъпка за ефективно взаимодействие между образование, наука, технологично развитие и иновационна политика. В него работят голяма част от най-добрите български специалисти в природо-математическите и хуманитарните науки, а научната дейност е съставна част от учебния процес. Стратегията за развитие на научните изследвания (2009–2014) дефинира приоритетни области и утвърждава проектното финансиране като основен инструмент. Днес се разработват проекти, финансирани от национални и европейски програми, министерства, национални агенции, неправителствени организации и стопански предприятия. Мисията на университета е да развива образователния, научния и културния потенциал на България и да създава модели на обществено развитие.

Сградата на Софийския университет, построена със средствата на дарителите братя Евлоги и Христо Георгиеви, е една от архитектурните забележителности на София. Тя разполага с 36 000 кв. м разгърната застроена площ, 324 помещения, от които 65 аудитории с 6000 места. Университетът има договорни отношения с над 80 университета от различни страни, стотици съвместни участия в международни проекти и многостранни контакти с учени от целия свят. Той е водещ в страната по брой участници в студентската и преподавателската мобилност и в утвърждаването на европейското пространство на висшето образование.