Пхенян днес изглежда като град, създаден през XX век: широки булеварди, монументални сгради и строго планирана градска среда. Този съвременен облик обаче прикрива много по-дълга история. Край река Тедон, сред хълмовете на западния Корейски полуостров, градът е бил свидетел на различни държави, столици и преходи.

В корейската традиция Пхенян се свързва с Тангун – легендарния прародител и основател на Древен Чосон. Според преданието той основава държавата си през 2333 г. пр.н.е. и избира Пхенян за нейна столица, преди да премести двора си в Асадал. Тази дата е част от националната традиция, но не е потвърдена археологически. Първите писмени разкази за Тангун се появяват много по-късно, едва през XIII век.

Сигурно засвидетелстваната история на Пхенян започва с Когурьо – едно от най-мощните древни царства в Североизточна Азия. През 427 г. цар Чансуван премества столицата от Кунесон, край днешния китайски град Дзян, в Пхенян. Новото място е по-близо до земеделските райони на Корейския полуостров и дава по-добър достъп до търговски пътища. През 586 г. столицата е преместена в укрепения град Чанансон, част от по-голям столичен комплекс, който контролира важни речни долини и проходи. През следващите десетилетия Пхенян е политически, военен и религиозен център на Когурьо, докато царството не пада през 668 г. под ударите на Сила и китайската династия Тан. Комплексът от столици и гробници, свързан с Когурьо, е определен като изключително свидетелство за изчезналата цивилизация.

След падането на Когурьо градът не изчезва от историята. При династията Корьо, основана през 918 г., Пхенян получава ролята на Западна столица – Согьон. Главната столица остава Кесон, но Пхенян запазва значението си като административен център на западните и северните земи. Владетелите на Корьо използват наследството на Когурьо, за да подчертаят връзката си с по-старото царство и идеята за единна корейска държавност. При династията Чосон Пхенян вече не е столица, но остава важен град по пътя между вътрешността на Корея и Китай.

През 1894 г. край Пхенян се води едно от ключовите сражения в Първата китайско-японска война. Битката показва стратегическото значение на града и ускорява превръщането му в център на съперничеството между Китай, Япония и Русия за влияние над Корея. В началото на XX век Корейската империя разработва план за превръщането на Пхенян във „втора“ или Западна столица. Проектът от 1902–1908 г. трябва да укрепи администрацията и отбраната, но е прекратен след победата на Япония над Русия и последвалия японски контрол над Корея. През 1910 г. Япония анексира полуострова, а Пхенян започва да се развива като промишлен и транспортен център.

Най-драматичният обрат идва по време на Корейската война. Между 1950 и 1953 г. голяма част от града е разрушена от бомбардировки, а исторически стени, порти и сгради са сериозно повредени. След войната властите не възстановяват просто стария град, а изграждат нова столица с широки улици, големи площади, паркове и масивни обществени сгради. В преустройството участват съветски и източноевропейски специалисти. През 1972 г. конституцията на Корейската народнодемократична република официално определя Пхенян за столица. Така градът получава съвременната си политическа роля, но древното му минало продължава да присъства в крепостите, гробниците и разказите за Когурьо.

Днес Пхенян е едновременно древен символ и модерна столица, почти изцяло променена от войната и идеологията на XX век. Той пази спомена за каменните столици на Когурьо, но самият той е построен наново върху руините на съвременната история.