Началото на българските военноморски сили е поставено на брега на Дунав. На 12 август 1879 г. в Русе са основани Дунавската флотилия и Морската част, в чиито състав влизат плавателни съдове, предадени на Княжество България след Освобождението. Така започва изграждането на военноморска организация на новата държава.

Осемнадесет години по-късно тази обща структура е разделена. На 12 ноември 1897 г. княз Фердинанд издава Указ № 40, публикуван в Държавен вестник, бр. 264 от 28 ноември същата година. С него Флотилията и Морската част са обособени като Дунавска флотилия с щаб в Русе и Морска част с щаб във Варна. Тази промяна има значение далеч отвъд административното разделяне: Варна получава собствено военноморско формирование и започва да се утвърждава като главна база на флота по Черноморието. Историческите изследвания и Военноморският музей приемат 12 ноември 1897 г. за начало на Военноморска база – Варна. Датата е по стар стил и съответства на 24 ноември по нов стил.

За първи началник на новосъздадената Морска част е назначен капитан II ранг Пол Пишон – ръководител на френската военноморска мисия в България. Мисията има задача да подпомогне изграждането на българския военен флот и подготовката на неговите кадри. Указът е последван от Привременно положение за управление на Морската част, което определя ръководните функции и отговорностите на началника. Така новата структура във Варна получава не само щаб, но и самостоятелна организация на управлението.

Преместването на центъра на морската дейност към Варна е свързано с нарастващото значение на града, развитието на пристанището и необходимостта България да изгради постоянна военноморска опора на Черно море. Русе запазва ролята си на център на Дунавската флотилия, докато Варна се превръща в основно средище на морската част. Разделянето обаче се оказва междинен етап. На 13 януари 1899 г. Дунавската флотилия и Морската част са обединени във Военноморски флот с щаб във Варна. Така градът окончателно се утвърждава като център на общото командване на българските военноморски сили. Затова 12 ноември 1897 г. остава не просто дата от административната история на флота, а моментът, в който Варна получава институционална роля в изграждането на българската военноморска сила – роля, която продължава и днес.