Около 8:30 системата за безопасност LZB отказва заради комуникационен проблем между компютрите и спира автоматично около шест влака в участъка. Управлението преминава към хората в контролния център. В 8:36 операторът нарежда на шестте влака да възобновят движението си „нормално“, въпреки че на екрана му се вижда, че влакът Iryo е спрял на около 25 километра от AVE, а на мястото има и червен сигнал.

Един от влаковете напомня, че при отказ на системата протоколът изисква движение „на видимост“ – с такава скорост, че машинистът да може да спре пред препятствие, но не повече от 40 км/ч. Това предупреждение не е предадено на машиниста на AVE. В 8:41 Iryo получава указание да продължи „нормално“. Седем минути по-късно машинистката му съобщава на контролния център, че влакът не може да рестартира системата и остава спрял, но това предупреждение не достига до екипа на AVE.

Между 8:36 и около 8:53 AVE изминава 25-те километра до Iryo. Точната скорост при удара още не е установена, но в този участък влаковете могат да се движат с до 200 км/ч. След сблъсъка няколко вагона падат по насипа. При катастрофата са загинали най-малко 68 души. В AVE са пътували 397 души, а в Iryo – 147.

Контролерът е бил подпомаган от друг служител и е работил под надзора на началник. Той е разпитан от Гражданската гвардия и е получил психологическа и правна помощ. Всички разговори и заповеди са записани аудио и писмено и се преглеждат, за да бъде възстановена последователността на действията. Към момента причината за отказа на LZB е посочена като технически проблем, а евентуалната отговорност за разрешеното движение остава предмет на разследването.