На 5 септември 1943 г. тялото на цар Борис III е погребано в главния храм на Рилския манастир. Днес там се пази само сърцето му, тъй като оригиналният гроб не е запазен. Царят умира внезапно на 28 август 1943 г. в 16:22 ч., малко след завръщането си от среща с Хитлер. Официалната причина е инфаркт, но още тогава се появяват подозрения за отравяне. Германските лекари, полагали грижи за монарха, откриват симптоми, които според тях наподобяват действието на бавно действаща отрова, същата като откритата по-рано при аутопсията на гръцкия министър-председател Йоанис Метаксас.

Въпреки че няма категорични доказателства, съществуват няколко версии за смъртта. Според една от тях Хитлер нарежда да бъде отровен, защото Борис III не предава българските евреи и отказва да изпрати войски срещу СССР. Синът му Симеон Сакскобургготски допуска и съветска следа с евентуална намеса на НКВД. Княгиня Мария Луиза Българска е убедена, че вината не е нито у нацистите, нито у англичаните, а идва от Изток. Други запазени дневникови записки сочат, че Хитлер смята италианския кралски двор за организатор, като се позовава на визитата на принцеса Мафалда Савойска в България четири седмици преди смъртта на царя – съвпадение със свалянето на Мусолини.

След петдневно поклонение в катедралата Свети Александър Невски траурното шествие отвежда тялото в Рилския манастир. Наследник на престола става малолетният Симеон II. До преврата на 9 септември 1944 г. от негово име управлява регентски съвет, включващ проф. Богдан Филов, княз Кирил и генерал-лейтенант Никола Михов. След това комунистите назначават нов състав, който остава до обявяването на републиката на 15 септември 1946 г.

Именно по нареждане на комунистическите управници през 1946 г. останките на царя са ексхумирани и осквернени. Операцията е ръководена от коменданта на софийската Народна милиция Лев Главинчев. Тялото е препогребано в малък параклис в парка на двореца Врана. През 1954 г. по заповед на Вълко Червенков параклисът е взривен и заравнен, а гробът унищожен. След демократичните промени парламентарна комисия издирва тленните останки, но открива само сърцето на царя. То е препогребано на възстановеното гробно място в Рилския манастир през 1993 г. В лявата страна на гроба е запазена резба, направена през октомври 1943 г. от жители на село Осой, Дебърска околия, с благодарствен надпис от Македония към царя.