Тоалетната може да изглежда чиста, но неприятната миризма често идва от трудно видими места. Най-често това е долната страна на ръба на чинията, където се задържат влага, минерални отлагания и биофилм. Там може да останат бактерии, включително салмонела, за дълго време при подходящи условия.

При почистване четката трябва да достига под ръба и във вътрешния сифон, а препаратът да остане върху повърхността колкото е указано на етикета. Външните части — седалка, капак отгоре и отдолу, панти, болтове, дръжка за пускане на водата, казанче и основа — също изискват внимание, защото по тях се задържат пръски, прах и следи от урина. Замърсявания могат да попаднат и по пода и стените около тоалетната.

Поставката за четки за зъби е скрит резервоар за микроби, особено ако задържа вода и остатъци от паста; редовното миене и подсушаване са важни. Често докосваните повърхности като дръжката на тоалетната, крана на мивката, дръжката на вратата и ключа за осветлението трябва да се почистват редовно, а при болен човек — да се дезинфекцират според указанията на препарата.

Ако банята мирише на канализация, причината може да е изпарен воден затвор в рядко използван мивка, душ или подов сифон; пускането на вода обикновено го възстановява. Миризма може да идва и от косми, сапунени остатъци и бактерии, натрупани в канала.

Затова най-старателното почистване започва от скритите места: под ръба, около пантите и основата, по пода около тоалетната, в поставката за четки и в каналите. Ароматизаторът може временно да прикрие проблема, но не отстранява натрупването, което го причинява.