Предложение Комисията по досиетата да бъде прехвърлена към Държавна агенция „Архиви“ предизвика нов политически спор. Дългогодишният член на комисията Екатерина Бончева заяви, че вижда в идеята и личен мотив. Тя сравни действащия закон с предложението на вицепремиера Иво Христов и посочи, че независим орган, избиран от Народното събрание и отчитащ се пред парламента, ще бъде заменен от държавна агенция, зависима от Министерския съвет. Според нея председателят на „Архиви“ се назначава от правителството, което поставя под въпрос независимостта на бъдещата структура при решенията за проверка и обявяване на принадлежност към бившите служби.

Бончева повдигна и въпроса как ще се работи с архивите, ако служителите не преминават проверка от съвременните служби за достъп до класифицирана информация. Тя се позова на три решения на Конституционния съд, които според нея изключват възможността подобна комисия да бъде част от изпълнителната власт. Тя отхвърли и тезата, че интересът към досиетата е изчерпан: комисията продължава да проверява лица на публични длъжности, граждани подават заявления за достъп до документи, а натовареността води до изчакване за част от заявителите.

По темата за личния мотив Бончева свърза предложението с обстоятелства около бащата на Иво Христов. По думите ѝ при проверка през 2020 г. той е бил обявен като офицер от Разузнавателното управление на Министерството на народната отбрана и не е възразил срещу решението. Години по-късно Христов, вече евродепутат, завел дело срещу политолога Огнян Минчев заради публично огласена информация за принадлежността на баща му. От тази последователност Бончева прави извод, че в предложението може да има „личен момент на отмъщение“. Тя добави, че децата и внуците не трябва да отговарят за бащите и дядовците си, но при някои се възпроизвежда манталитет, който ни дърпа назад.

Идеята за закриване на комисията като самостоятелна структура и прехвърляне на дейността ѝ към Държавна агенция „Архиви“ е заложена в преходните и заключителните разпоредби на бюджета за 2026 г. Народното събрание възложи на вицепремиера Иво Христов да подготви нормативните промени, като първоначалният срок беше 15 септември 2026 г.