На 6 ноември 1985 г. Войчех Ярузелски е избран за председател на Държавния съвет на Полша – колективния орган, който изпълнява функциите на държавен глава. Той заменя Хенрик Яблонски, а премиерският пост поема Збигнев Меснер. Ярузелски вече е генерал, министър на отбраната и ръководител на Полската обединена работническа партия. През декември 1981 г. той въвежда военно положение, с което „Солидарност“ е поставена извън закона и са арестувани нейни активисти. Този акт го превръща в символ на твърдата комунистическа власт, но по-късно той участва в преговорите, довели до политическия компромис от 1989 г.

След конституционните промени от 7 април 1989 г. е възстановена президентската институция и Сенатът, а през юни се провеждат частично свободни парламентарни избори. На 19 юли 1989 г. Националното събрание избира Ярузелски за президент с 270 гласа „за“, 233 „против“ и 34 „въздържали се“ – само с един глас над необходимото мнозинство. За опозицията кандидатурата му остава свързана с военното положение и репресиите, но част от избраните от листите на „Солидарност“ подкрепят избора му. Така той става първият президент на Полша след възстановяването на институцията.

Като президент Ярузелски остава част от преходния политически баланс. През август 1989 г. той възлага на Тадеуш Мазовецки да състави правителство, което го прави първият некомунистически премиер в следвоенната история на Полша. На 29 декември същата година конституцията премахва водещата роля на комунистическата партия, а държавата връща името Република Полша. Мандатът на Ярузелски приключва на 22 декември 1990 г., когато Лех Валенса поема президентския пост. Така генералът остава едновременно първият президент след възстановяването на институцията и последният президент на Полската народна република.